Ünlü Atinalı üç reformcudan biri olan (diğerleri Drakon ve Solon) Kleisthenes kentin tanınmış ailelerinden Alkmaionidailere mensuptu. Babası Megakles, annesi ise Sikyon tiranı Kleisthenes'in kızı Agariste'ydi. Kleisthenes adını anne tarafından dedesi olan bu tirandan almıştır. Kleisthenes MÖ. 525 yılında Hippias'ın tiranlığı zamanında arkhon seçilmişti fakat daha sonra o ve mensubu olduğu aile Hippias tarafından lanetli oldukları gerekçesiyle (MÖ. 632'deki Kylon'un darbe girişiminde Athena Tapınağı'na yani kutsala sığınan destekçilerinin Alkmaionidai ailesinden arkhon Megakles'in emriyle öldürülmeleri nedeniyle bu ailenin fertleri lanetlenip sürgün edildiler.) Atina'dan sürüldüler. Kleisthenes tiran Hippias'ın Delphoi kehanet merkezinin onayı ve Spartalıların desteğiyle Atina'dan kovulmasının (MÖ. 510) ardından oluşan iktidar boşluğunda başka seçkin bir ailenin mensubu İsagoras ile Atina siyasetinde ön plana çıkmıştır. Kleisthenes kendisi de bir